Год 1191. Из благословенной борьбы за освобождение Гроба Господня Третий Крестовый Поход превратился в личную распрю предводителей христианского и мусульманского миров. После взятия портового Акра Ричард Львиное Сердце готовится нанести Саладину окончательное поражение в обетованном Иерусалиме. Тем временем Святую Землю опустошают многочисленные наместники, которые почувствовали свою власть, лишившись административного контроля. Пресечь кровавый произвол может серия точечных ударов: если устранить всех, кому выгодна война, то наступит мир, а цель секты ассасинов будет исполнена. Невозможное задание, миссия для самоубийцы - Альтаир с радостью берётся за опасную работу, потому что это единственный шанс вернуть утраченное положение в иерархии братства и смыть позор недавнего провала. Помимо самоотверженности, главный герой обладает выучкой профессионального убийцы: владение разными видами холодного оружия для победы в единоборствах, владение собственным телом для скрытного перемещения в городском ландшафте, владение интуицией для выбора правильной жертвы и подходящего момента.

Действие игры разворачивается на территории Италии образца 1476-го года. Альтаир снят с должности главного героя и его место заменил флоренцианский представитель знати Эцио Аудиторе де Фиренце – тоже дальний родственник Десмонда, из генов которого выкачивают ценную информацию. Леонардо да Винчи, как и несколько других исторических личностей тех времен (скажем, Николло ло Макиавелли и Катерина Сфорца), будут помогать нашему профессиональному киллеру. Да Винчи – своими невероятными изобретениями (в статье, кстати, говорится о том, что у Эцио будет сразу два «скрытых» кинжала – по штуке на каждую руку), Макиавелли – советами как убить цель "тихо и без пыли". Ну а Катерина Сфорца – просто еще один союзник на итальянской политической сцене. Однако не все исторические персоны будут нам друзьями. Нажить врагов – задача, в общем-то, не сложная. Так, протагонисту посчастливиться устроить покушение на жизнь знатного и влиятельного итальянского политика Лоренцо де Медичи.