Чебурашка, найденный в коробке с апельсинами, привезённой в один очень большой город, встречается с крокодилом Геной. Вместе они ищут друзей, в числе которых лев Чандр и пионерка Галя, и помогают другим персонажам — людям и говорящим животным. Им противодействуют старуха Шапокляк и её ручная крыса Лариска.

Крокодил Гена ходит на задних лапах, носит костюм, шляпу и трость, курит трубку и ежедневно ходит в зоопарк, где работает крокодилом (характерный пример сдержанного юмора Э.Успенского). Табличка над его местом работы гласит: «Африканский крокодил Гена. Возраст пятьдесят лет. Кормить и гладить разрешается». В свой день рождения Гена поет песенку «Пусть бегут неуклюже…». Эта песенка с тех пор часто исполняется по поводу дней рождения.

Старуха Шапокляк, названная в честь старомодного головного убора — главный антагонист Чебурашки и Гены. В мультфильме её девиз выражен в песенке: «Кто людям помогает — тот тратит время зря. Хорошими делами прославиться нельзя». Шапокляк при поддержке живущей в её ридикюле крысы Лариски устраивает жестокие розыгрыши над невинными жителями города. По мере знакомства с Геной и Чебурашкой Шапокляк постепенно встаёт на путь исправления, обычно возвращаясь к хулиганству в начале следующего выпуска мультфильма.